Frühe Fungizide waren anorganische Verbindungen, unter denen auch heute noch Schwefelpulver und Kupferpräparate (siehe Bordeaux-Mischung) verwendet werden. Im Jahr 1914 verwendete I. Reem aus Deutschland erstmals organische Quecksilberverbindungen zur Bekämpfung von Weizenbrand und markierte damit den Beginn der Entwicklung organischer Fungizide.
Im Jahr 1934 entdeckten WH Tisdale und andere in den Vereinigten Staaten die bakteriziden Eigenschaften von Dimethyldithiocarbamat. Seitdem haben sich organische Fungizide rasant entwickelt. Es gibt drei Hauptreihen organischer Schwefelfungizide, die in den 1940er und 1950er Jahren entwickelt wurden: Thirame, Dysons (z. B. Zinkdysons) und Trichlormethylthiodimethylcarboximide. Darüber hinaus wurden auch organische Chlor-, organische Quecksilber- und organische Arsen-Fungizide entwickelt. Bei den meisten dieser Fungizide handelt es sich um Schutzmittel, deren Anwendung begrenzt ist.
Seit den 1960er Jahren sind immer mehr chemische Arten von Fungiziden auf den Markt gekommen, und der wichtigste Fortschritt ist die Einführung systemischer Fungizide.
1965 entwickelte Japan das Organophosphor-Fungizid Daobenjing. Im Jahr 1966 wurde in den Vereinigten Staaten Wisterin entwickelt. 1967 entwickelten die Vereinigten Staaten Benomyl. 1969 entwickelte Japan Thiophanat. Tricyclazol wurde 1977 in den USA entwickelt, Metalaxyl wurde in der Schweiz entwickelt und Aluminiumtriethylphosphat wurde 1978 in Frankreich entwickelt. Die oben genannten systemischen Wirkstoffe sind seit den 1970er Jahren zum Hauptbestandteil der Fungizidentwicklung geworden. Gleichzeitig haben sich landwirtschaftliche Antibiotika rasant weiterentwickelt. Organische Quecksilber-, organische Arsen- und einige organische Chlorfungizide werden aufgrund ihrer Toxizität oder Umweltverschmutzung schrittweise aus dem Verkehr gezogen. Die neue Generation systemischer Wirkstoffe hat aufgrund ihrer verbesserten Bekämpfungswirkung den Markt für Fungizide weiter erweitert. In den 1980er Jahren gab es mehr als 200 verschiedene Fungizidarten. Laut der Umfrage belief sich der weltweite Umsatz mit Fungiziden im Jahr 1985 auf 2,54 Milliarden US-Dollar, was 18,4 Prozent des Gesamtumsatzes mit Pestiziden entspricht.
Im Jahr 1984 betrug der Umsatz mit systemischen Wirkstoffen bei Fungiziden 44,2 Prozent und mit nicht-systemischen Wirkstoffen 55,8 Prozent. Fast ein halbes Jahrhundert lang konzentrierte sich die Entwicklung von Fungiziden hauptsächlich auf Mittel zur Vorbeugung und Behandlung von Pilzkrankheiten, während die Forschung und Entwicklung von Mitteln zur Vorbeugung und Behandlung von durch Bakterien und Viren verursachten Krankheiten noch unzureichend ist. Seit den 1950er Jahren hat China vor allem schützende Fungizide entwickelt. Seit den 1970er Jahren wird mit der Entwicklung systemischer Fungizide und landwirtschaftlicher Antibiotika begonnen und der Einsatz organischer Quecksilbermittel eingestellt. Da die Anwendungstechnik von Fungiziden relativ kompliziert ist, ist die Entwicklungsgeschwindigkeit nicht so hoch wie die von Insektiziden. Allerdings wird die schützende Wirkung von Fungiziden auf die landwirtschaftliche Produktion von Landwirten immer mehr erkannt. Mit der Modernisierung der chinesischen Landwirtschaft wird sich die Entwicklung von Fungiziden zwangsläufig beschleunigen.